「上場株式等に係る譲渡損失の繰越控除」では、「期限後申告」や「更正の請求」によって制度の適用を受けることができる場合があります。１９年分の譲渡損失を申告しておらず、２０年分で繰越控除を受ける場合や２０年分の譲渡損失を申告していない場合などです。
1.特定口座（源泉徴収あり）の場合 （期限後申告）
特定口座（源泉徴収あり）で生じた譲渡損益については、確定申告の必要はありませんが、譲渡損失について繰越控除を受けるためには，確定申告を行わなければなりません。
特定口座（源泉徴収あり）で生じた譲渡損失については、事業所得や不動産所得など他の所得に係る確定申告を行っていなければ
、期限後申告を行うことで、繰越控除が適用できます。
（更正の請求）
確定申告自体は行ったものの、明細書の添付などの譲渡損失の繰越の手続をしなかった場合については、特定口座（源泉徴収あり）の譲渡損失については、「申告不要制度を選択した」ことになり、「更正の請求」を行うことはできませんので、繰越控除は適用できません。
事業所得や不動産所得などの他の所得がある方が、確定申告時に譲渡損失の繰越しの手続をしなかったり、普段は確定申告の必要がないサラリーマンの方が、医療費控除等の適用を受けるための確定申告時に譲渡損失の繰越しの手続をしなかったケースが該当し、更正の請求を行うことはできません。
2.「一般口座」の場合 （期限後申告） 「上場株式等に係る譲渡損失の繰越控除」は、 ①譲渡損失の生じた年分の所得税について「譲渡損失の金額の計算に関する明細書」等一定の書類の添付がある確定申告書を提出すること ②その後において連続して確定申告書を提出していること ③繰越控除を受けようとする年分の確定申告書に「繰越控除を受ける金額の計算に関する明細書等」の一定の書類の添付があること、 これらすべての要件を満たすことが必要です。
この場合の「確定申告」には、「期限後申告」が含まれますので、①の当初の確定申告をしなかった場合の他に、②の連続して行う確定申告をしなかった場合であっても、期限後申告によりこの適用を受けることができます。
事業所得や不動産所得など他の所得に係る確定申告を行っていなければ 、期限後申告を行うことで、繰越控除が適用できます。
（更正の請求）
他に所得があって確定申告を行ったものの，明細書の添付など譲渡損失に係る手続をしなかった場合には、「更正の請求」を行うことにより、繰越控除が受けることができます。
※更正の請求
確定申告書を提出した後に申告書に書いた税額などに誤りがあったことを発見した場合などで、その申告書に書いた税額などが実際より多かったときに正しい額に訂正することを求める場合の手続きです。提出期間は法定申告期限から1年以内(法定申告期限後に還付を受けるための申告をしている場合は、その申告書を提出した日から1年以内)です。
